Какие изменение могу вносить в трудовой договор

Антон, добрый день, Ваши идеи не реализуемы, поскольку прямо  противоречат закону. 

Согласно ст. 57 ТК РФ: 

В трудовом договоре могут предусматриваться дополнительные условия, не ухудшающие положение работника по сравнению с установленным трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами

Составляю трудовой договор с сотрудниками, хочу убрать оплачиваемый отпуск, могу ли я это сделать ?

Нет, в соответствии со ст. 114, 115 ТК РФ: 

Работникам предоставляются ежегодные отпуска с сохранением места работы (должности) и среднего заработка.
Ежегодный основной оплачиваемый отпуск предоставляется работникам продолжительностью 28 календарных дней.

Могу ли убрать оплачиваемый больничный, декретный отпуск?

Нет, согласно ст. 124 ТК РФ: 

Ежегодный оплачиваемый отпуск должен быть продлен или перенесен на другой срок, определяемый работодателем с учетом пожеланий работника, в случаях:
временной нетрудоспособности работника;

Убрать декретный отпуск так же не можете, это вообще табу которое будет противоречить не только трудовому законодательству, но и конституции. 

Какую минимальную зарплату могу назначить с таким графиком?

Здесь проще, тут законодательство дает определенную свободу, в соответствии со ст. 35 ТК РФ: 

Заработная плата работнику устанавливается трудовым договором в соответствии с действующими у данного работодателя системами оплаты труда.

Главное не ниже МРОТ.